لما استشهد أبوه عليه السلام خرج من الكوفة متنكرًا مستترًا مع نفر من أصحابه، فدخل خراسان، وانتهى إلى (بلخ) ونزل على الحريش بن عبدالرحمن الشيباني.

وكتب يوسف بن عمر يطلبه إلى نصر بن سيار فكتب نصر إلى عامله عقيل بن معقل الليثي عامله على بلخ يطلبه، فذكر له أنه في دار الحريش، فطالبه بتسليمه منه، فأنكر أن يكون عارفًا بمكانه، فضُرِبَ ستمائة سوط فلم يعترف، فقال: والله لا أرفع الضرب عنك إلا أن تسلمه أو تموت، فقال له حريش رحمه الله: (والله لو كان تحت قدمي هاتين ما رفعتهما، فاصنع ما بدا لك)!! فلما خشي ابن الحريش على أبيه دس إليه بأنه يدل عليه إن أفرج عن أبيه، فدل عليه، وأخِذ وحمله إلى نصر بن سيار فقيَّدَه وحبَسَه، وكتب بخبره إلى يوسف بن عمر، فكتب يوسف إلى الوليد بن يزيد بذلك، فكتب إليه الوليد يأمره بالإفراج عنه، وترك التعرض له ولأصحابه، فكتب يوسف إلى نصر بما أمره به، فدعاه نصر وحل قيده، فقال له: لا تثر الفتنة، فقال له عليه السلام: وهل فتنة في أمة محمد صلى الله عليه وآله وسلم أعظم من فتنتكم التي أنتم فيها من سفك الدماء والشروع فيما لستم له بأهل، فسكت نصر وخلى سبيله، فخرج من عنده وجاء إلى (بيهق) وأظهر الدعوة هناك وبايعه فيها سبعون رجلا واجتمع إليه نفر، فكتب نصر إلى عمرو بن زرارة بقتاله، وكتب إلى قيس بن عباد عامل (سرخس)، وإلى الحسن بن زيد عامل (طوس) بالانضمام إليه، فاجتمعوا وبلغ القوم زهاء عشرة آلاف، وخرج يحيى بن زيد عليهما السلام فقاتلهم وهزمهم، وقتل عمرو بن زرارة واستباح عسكره وأصاب منهم دواب كثيرة.

وروي عن بعض أصحاب يحيى عليه السلام قال: كنَّا مع يحيى بن زيد عليهما السلام والرضوان بخراسان قال: فقدمنا سبعون أو ثمانون رجلاً يوم لقي عمرو ابن زرارة قال: وكان لقيه بخراسان في مقدمته ونحن سبعة عشر فارسا أو ثمانية عشر قال: فلقينا عمرو بن زرارة في أربعة آلاف أو خمسة آلاف قال: فتلقانا حرب بن محربة أو نصر بن حرب، قال: فكأني أنظر إلى شيخ ضخم قد جاء براية فركزها، ثم نادى: يا أيها الناس، إن فريق عمرو بن زرارة يدعوكم إلى الأمان، وهذه راية الأمان فمن جاءه فهو آمن، قال: فكنت في آخرهم فأضرط به الذي كان بين أيدينا قال: فوالله ما أعلم إلا أني قد سمعتها، قال: ثم لحقنا يحيى ابن زيد عليهما السلام، وأرسل إلى عمرو بن زرارة: انصرف عني فإني لست أريدك ولا أريد شيئا من عملك، وإنما أريد بلخ وناحيتها، ولا أريد (مرو) فتنح عني، قال: فقال عمرو بن زرارة: والله لا يكون ذلك أبدا إلا أن تعطني بيدك وتدخل في الأمان وإلا قاتلتك، قال: فكأني أنظر إلى يحيى بن زيد عليهما السلام، وأسمع صوته من خلفي وهو ينادي الجنة الجنة يا معشر المسلمين، الحقوا بسلفكم الشهداء المرزوقين رحمكم الله، قال: ثم حمل عليهم حملة رجل واحد فانكشفوا، قال: واستقبلنا عمرو بن زرارة يصيح بأصحابه، قال: فما كانت إلا إياها حتى قتل عمرو بن زرارة، وانكشف أصحابه وأخذوا الطريق حتى أتى يحيى ابن زيد عليهما السلام (الجوزجان)، قال: ثم لحق بعد قوم من الزيدية بيحيى بن زيد عليه السلام قال: وكانوا قريبا من خمسين ومائة رجل، ونزل عليه السلام قرية من قرى الجوزجان يقال لها: (أرعوى) ولحق به جماعة من عساكر خراسان.

وبايعوه، وبقي أمره مديدة يسيرة.

وروى السيد أبو الحسين يحيى بن الحسن الحسيني رحمة الله عليه بإسناده إلى يعقوب بن عدي، قال: خرج رجل من أهل الشام فدعا إلى البراز فخرج إليه رجل من أص حاب يحيى فقتله، ثم خرج إليه آخر فقتله، ثم خرج إليه يحيى فقال: يا ابن اللخناء إنك لشديد المجاحشة عن سلطان بني أمية، فضربه يحيى فقتله.

وروى بإسناده أيضًا عن بعضهم قال: رأيت يحيى بن زيد عليهما السلام حمل على رجل من أهل الشام فضربه على فخذه فقطع درعه وفخذه البتة حتى وصل إلى جنب الدابة.

وكان من كلامه عليه السلام لأصحابه في بعض مواقفه أن قال: يا عباد الله، إن الأجل محضره الموت، وإن الموت طالب حثيث لا يفوته الهارب، ولا يعجزه المقيم، فاقدموا رحمكم الله إلى عدوكم، والحقوا بسلفكم الجنة الجنة، أقدموا ولا تتكلوا، فإنه لا شرف أشرف من الشهادة، فإن أشرف الموت قتيل في سبيل الجنة، فَلْتَقَرّ بالشهادة أعينكم، وَلْتنشرح للقاء الله صدوركم. قال الراوي: ثم نهد، فكان والله أرغب أصحابه في القتل في سبيل الله جل ثناؤه.