ومن مؤلفات والِدِنَا الإمام الحجّة/ مجدالدين المؤيدي عليه السلام كِتَابُ مَجْمَعِ الفَوَائِدِ، احْتَوَى على عُلُومٍٍ جمَّةٍ في مختلف الفنون، اشتمل القسم الأول منه على ثلاث عشرة رسالة، وهي:
1- فَصْلُ الْخِطَابِ في تَفْسِيرِ خَبَرِ الْعَرْضِ على الكِتَابِ.
2 – إِيضَاحُ الدَّلالَةِ في تَحْقِيقِ أَحْكَامِ الْعَدَالَةِ.
4 – الحُجَجُ الْمُنِيرَةُ على الأُصُولِ الخَطِيرَةِ.
5 – الرِّسَالَةُ الصَّادِعَةُ بالدَّلِيلِ في الرَّدِّ على صَاحِبِ التَّبْدِيعِ والتَّضْلِيلِ.
6 – الثَّوَاقِبُ الصَّائِبَةُ لِكَوَاذِبِ النَّـاصِبَةِ.
7 – الدَّلِيلُ القَاطِعُ المانِعُ للتَّنَازُعِ.
8 – الماحِي للرَّيْبِ في الإِيمَانِ بالغَيْبِ.
9 – إِيضَاحُ الأَمْرِ في عِلْمِ الجَفْرِ.
10 – فَصْلُ الخِصَامِ في مَسْأَلَةِ الإِحْرَامِ.
11 – رَفْعُ الملامِ في رَفْعِ اليَدَيْنِ عِنْدَ تَكْبِيرَةِ الإِحْرَامِ.
12 – الجَوَابُ التَّامُّ في مَسْألَةِ الإِمَامِ.
13 – الجَوَاباتُ الْمُهِمَّةُ مِنْ مَسَائِلِ الأَئِمَّةِ.
تَعْلِيقٌ على الرِّسَالَةِ الحَاكِمَةِ.
وقد طُبِعتْ بَعْضُهَا مُسْتَقِلَّةً.
واشتمل القسم الثاني من كتاب مجمع الفوائد على تَعْلِيقَاتٍ ورُدُودٍ وبُحُوثٍ في شَتَّى أَنْوَاعِ العُلُومِ، منها وَقَفَاتٌ:
– مع ابنِ حجر العَسْقَلاني في فَتْحِ البَارِي.
– ومع ابن القيِّم في زَادِ الْمَعَادِ.
– ومع السيّد الحافظ محمَّد بن إبراهيم الوزير في إيثار الحقّ على الخلْقِ.
– ومع أبي بكر العَامِرِيّ في بَهْجَةِ الْمَحَافِلِ.
– ومع الإمام يحيى بن حمزة في الرِّسَالةِ الوَازِعَةِ.
– ومع الإمام القاسم بن محمد في رِسَالَةِ التَّحْذِيرِ.
– ومع الإمام المؤيد بالله في شَرْحِ التَّجْرِيدِ.
– ومع السيّد محمَّد بن إسماعيل الأمير في سُبُلِ السَّلامِ.
– ومع السَّيِّد الإمام أحمد بن يوسف زَبَارَةَ في تَتِمَّةِ الاعْتِصَامِ.
– ومع السيد العلامة أحمد بن محمَّد ابن لقمان في (شرح الكافل).
– ومع السيد الحَسَنِ الجَلَالِ في كتاب العِصْمَةِ عن الضَّلال.
– ومع الجَلَالِ في فَيْضِ الشّعَاعِ.
– ومع الشَّوْكاني في العِقْدِ الثَّمينِ في إثبات وصاية أمير المؤمنين، ومع الشوكاني في فَتْحِ القَديْرِ، ومع الشوكاني في القَوْلِ المفِيدِ في أدِلَّةِ الاجْتِهادِ والتَّقْلِيدِ.
– ومع القاضي الحافظ الحسين بن أحمد السَّيَّاغِي في كتاب الرَّوْضِ النَّضيرِ.
– ومع السيد العبّاس بن أحمد في تَتِمَّةِ الروض النضير.
– ومع السيد محمد بن الحسين بن الإمام القاسم بن محمد صاحب مُنْتَهَى الْمَرَامِ في شَرْحِ آيَاتِ الأَحْكَامِ.
– ومع محمَّد عبده يماني في كتابه: عَلِّمُوا أولادَكُمْ حُبَّ آلِ بَيْتِ النَّبي صلى الله عليه وآله وسلم.
– ومع الإمام المهدي أحمد بن يحيى المرتضى عليهم السلام في (البَحْرِ الزخَّار).
– ومع الإمام المهدي أحمد بن يحيى المرتضى عليهم السلام في الْمُنْيَةِ والأَمَلِ في شرح كتاب الْمِلَلِ والنِّحَلِ.
بالإضافة إلى فَتَاوَى و بُحُوثٍ فِقْهِيَّةٍ عَظِيمَةٍ مِنْهَا:
– الْجَوَابَاتُ النَّافِعَة بِالأَدِلَّةِ الْقَاطِعَة.
– ومسائل السيد العلامة محمد بن منصور المؤيدي إلى الإمام المنصور محمد بن يحيى حميد الدين رضوان الله عليهم.
– ومِنْ جَوَابَاتِ الإِمَامِ الْمَنْصُورِ باللهِ محمد بن يحى حميد الدين عَلَى شَيْخِ آلِ الرَّسُولِ مُحَمَّدِ بْنِ مَنْصُورٍ المؤيدي رضي الله عنهم، وَالِدِ الإمَامِ مجدالدِّين المؤَيَّدِي عليه السلام، واختيارات السيِّد العلامة الولي/ محمد بن منصور المؤيدي رضي الله عنه.