أَسَرَه الضحاك بن قيس الهمداني غدراً في صفر سنة خمس وأربعين وثلاثمائة، وقُتِلَ عليه السلام في الأَسْرِ غرّة شوال تلك السنة، وكان يدخل عليه الفساق بالخمر فينجّسونه، ويقولون له: اشْرَبْ أو شمّ يا مولانا هذه الروائح، وكان يدخل عليه بعض شيعته كل جمعة وهو يبكي، فيقلع طين المسجد الذي نجَّسوه ويبدله، ويغسل ثيابه، وكان هذا دأبهم حتى قتلوه.
وهذا الإمام جدّ آل يحيى بن يحيى، ونقله من ريده إلى مشهد جَدِّه الإمام الهادي إلى الحق، ابنُ أخيه الإمام يوسف بن الإمام المنصور بالله يحيى بن الإمام الناصر، بعد مضي خمس وعشرين سنة، فوجده لم يتغيَّر.